از سال 1341 (آغاز نهضت امام خمینی)، استاد مطهری به طور فعال در کنار امام بود، به طوری که می توان سازماندهی قیام پانزده خرداد در تهران و هماهنگی آن با رهبری امام را ، مرهون تلاشهای او و یارانش دانست . استاد در ساعت یک بعد از نیمه شب روز چهارشنبه، پانزدهم خرداد 1342 به دنبال یک سخنرانی مهیج علیه شخص شاه ، به وسیله ی پلیس دستگیر شد و به زندان موقت شهربانی منتقل شد